Il tempio, la cui attribuzione ad Ercole si deve a una testimonianza di Cicerone ritenuta generalmente attendibile, è il più antico dei templi di Agrigento e si data nella sua fase originale alla fine del VI sec. a.C.

L'edificio, costruito in calcarenite locale, è di stile dorico e poggia su un basamento di tre gradini e presenta sei colonne sui lati brevi e quindici sui lati lunghi.

L'interno era suddiviso in tre vani: quello centrale (cella) era preceduto da un atrio di ingresso (pronao) e seguito da un vano posteriore (opistodomo), questi ultimi avevano due colonne antistanti; ai lati della porta della cella si trovavano le scale di accesso al tetto che era decorato da gocciolatoi per l'acqua piovana a forma di teste di leone.

A Est del tempio, i resti di un altare monumentale.

Durante l'età romana la cella fu suddivisa in tre vani, forse perchè ad Ercole fu associato il culto di altre due divinità; una di queste potrebbe essere stata Esculapio (Asclepio), di cui si è rinvenuta una statua di marmo di età romana proprio all'interno della cella modificata.

Numerosi restauri sono stati eseguiti a partire dal 1921 quando, su iniziativa del capitano inglese Alexander Hardcastle, furono rialzate otto colonne del lato sud sino agli ultimi interventi di tipo conservativo effettuati dal Parco (POR Sicilia 2000-2006).