Il tempio, la cui attribuzione a Giunone è dovuta ad una erronea interpretazione di un brano di un autore latino, è costruito in calcarenite locale e sorge in posizione dominante presso l'estremità orientale della Collina dei Templi.

L'edificio, di stile dorico (450-440 a.C. ), poggia su un basamento di quattro gradini e presenta sei colonne sui lati brevi e tredici sui lati lunghi.

L'interno era suddiviso in tre vani: quello centrale (cella) era preceduto da un atrio di ingresso (pronao) e seguito da un vano posteriore (opistodomo), questi ultimi avevano due colonne antistanti; ai lati della porta della cella si trovavano le scale di accesso al tetto.

Il basamento con tre gradini sul fondo della cella fu aggiunto in epoca successiva.

La superficie di alcuni blocchi arrossati mostra i segni dell'incendio forse riconducibile alla distruzione di Akragas compiuta dai Cartaginesi nel 406 a.C.

Sul lato est si trovano i resti dell'altare monumentale preceduto da una scalinata di dieci gradini che conduceva al piano dove si celebravano i sacrifici.

Numerosi restauri sono stati eseguiti a partire dalla fine del XVIII secolo, quando furono risollevate le colonne del lato nord, sino agli ultimi interventi di tipo statico e conservativo delle superfici lapidee effettuati dal Parco (POR Sicilia 2000-2006).

A Ovest del tempio si trova Porta III - di cui oggi rimane ben poco a causa della frana di parte del costone roccioso - originariamente aperta in una rientranza obliqua rispetto alla linea delle fortificazioni e percorsa da una carreggiata stradale ancora visibile.

Il sistema difensivo risalente alla fine del VI sec. a.C. fu rinforzato durante il IV sec. a.C. dalla costruzione, a Nord-Est della porta e del tempio, di un imponente torrione di cui oggi rimane parte del crollo dell'elevato.