Gli arabi giunsero nel territorio intorno al primo quarto del IX secolo[senza fonte]: introdussero la coltura degli agrumi, delle rosacee (pero, albicocco, pistacchio) e forse del carrubbo ed organizzarono e realizzarono la canalizzazione delle scarse riserve idriche. Il toponimo Raffadali è stato ipotizzato originario dall'arabo رحال افدال (Rahl-Afdal), che significa "villaggio eccellente".

Nell'XI secolo il feudo è concesso alla famiglia Montaperto. Nel 1177 compare per la prima volta nei registri della diocesi di Agrigento una comunità denominata "Cattà" e nel Trecento il villaggio aveva una parrocchia dedicata a San Leonardo, oggi scomparsa. Compare anche la denominazione di "Raafala" nei registri delle rendite ecclesiastiche della diocesi.

L'odierna cittadina venne fondata sulle rovine dell'antico casale nel 1481. Nel 1507 Pietro Montaperto ottenne dal re Ferdinando lo "ius populandi" per la espansione dell'agglomerato urbano, e iniziò i lavori di consolidamento del castello e di costruzione della chiesa madre.

Nel 1649 Giuseppe Nicolò Montaperto, intervenne per reprimere una rivolta degli agrigentini contro il vescovo Trajna, accusato di costringere la popolazione alla fame. Per premiare il coraggio e la fedeltà dei Montaperto, Filippo IV di Spagna insignì la famiglia feudataria di Raffadali del titolo principesco. L'ultimo signore di Raffadali fu Salvatore Montaperto Valguarnera.

Agli inizi dell'Ottocento Raffadali si trasformò da borgo del feudo a borgo rurale di piccoli e medi proprietari, rimanendo ai vecchi feudatari il diritto enfiteutico sulle frazioni del fondo.